連綿陰雨、暴雨等惡劣天氣容易使水體分層，底層溶氧偏低細菌大量繁殖，藻類生長緩慢，轉晴后，藻類大量繁殖，出現菌藻互相競爭營養，導致藻類因營養缺乏死亡引起水變，及雨后轉晴后氣溫、水溫迅速上升，池水對流池底毒素返水和耗氧增加。特別是暴雨，對白對蝦養殖的影響最大，極易引起空腸空胃、鰓病和紅體等病害，對此建議采取以下處理方法：
雨前預防
必須留意天氣預報(可上網查詢一周天氣情況)；仔細檢查池塘的基礎設施(例如堤壩、閘門、增氧機、電力線路和排水溝等)，損壞設施必須及時修整好；在雨前5～7天拌料，保肝護肝，提高免疫力及抗應激能力；雨前3～4天傍晚著重留意污染重災區，避免雨停后泛底，第二天按5～6畝補菌保藻，避免雨停后轉水；對于偏酸性的土塘(例如紅樹林區域蝦塘），可在池塘四周撒一些生石灰，防止雨水引起池水pH值急劇下降。
雨中處理
降雨時，水體容易分層，應及時開啟增氧機，防止水分層，防止藻類死亡，可酌情潑灑增氧類藥物等增強水體通透性，增加底氧；酌情停止或減少投料。
雨后處理
降雨造成池水鹽度、溫度、溶氧、pH等變化，易引發刺激性蛻殼、軟殼或蛻殼障礙，應留意水體的硬度變化和及時補充水體相應的礦物質元素；雨后應馬上測量水體pH值，若pH值低于8，應每天潑灑5～6公斤生石灰調節，逐漸提高pH值。雨后天氣轉晴，隨著氣溫的回升，池底的毒素易隨水流擴散到池塘中上層，留意對水體解毒。根據水質變化情況養護水質；降雨后應根據水質、天氣和養殖對象情況注意控料。
